PrimeMate: Snel en gestroomlijnd primer generator voor Ensembl
PrimeMate is een Chrome-add-on ontwikkeld door PrimeMate die dient als een primer-generator voor Ensembl. Het stelt gebruikers in staat om honderden primerparen te genereren met aanpasbare parameters en ze te sorteren volgens hun voorkeuren.
Met PrimeMate kunnen gebruikers eenvoudig werken met de Ensembl-genoomdatabase door simpelweg naar de gewenste sequentie te navigeren en op "find primers" te klikken. De add-on biedt een scala aan aanpasbare opties zoals optimale productlengte, smeltpunt, G/C-gehalte en dimerisatie/hairpin-drempel.
Een van de opvallende kenmerken van PrimeMate is het vermogen om gedetailleerde informatie weer te geven voor elk product, inclusief lengte, smeltpunt en exon-locatie. Gebruikers kunnen ook de gegenereerde resultaten sorteren op basis van hun voorkeurscriteria door het sorteer gewicht aan te passen voor elke variabele.
PrimeMate gaat een stap verder door automatisch ongewenste producten te filteren, zoals zelf-dimeriserende primers of die met suboptimale locaties op de sequentie. Het biedt ook de mogelijkheid om door de gebruiker geselecteerde sequenties op te slaan in een "Favorieten" rij voor eenvoudige toegang en maakt naadloos delen mogelijk door de sequenties naar het klembord te kopiëren.
Al met al is PrimeMate een krachtige en efficiënte tool voor primer-generatie in Ensembl, met een gebruiksvriendelijke interface en een breed scala aan aanpasbare opties.
